崇明东滩保护区面积为326平方公里,属长江口典型的河口湿地。其中自然保护区在堤外滩涂的面积共265平方公里,包括吴淞标高零米线以上的滩涂为120平方公里,吴淞标高零米线以外宽度3000米内的水域145平方公里。堤内以人工湿地为主的面积为61平方公里。
崇明东滩位于长江入海口,处于我国候鸟南北迁徙的东线中部,地理位置十分重要。其生物多样性价值体现在物种的多样性和生态系统的多样性。东滩滩涂辽阔,拥有丰富的底栖动物和植被资源,是候鸟迁徙途中的集散地,也是水禽的越冬地。崇明东滩记录的鸟类达312种,迁徙水鸟上百万只。其中国家一级保护动物4种,国家二级保护动物43种。属中日候鸟保护协定的167种,属中澳候鸟保护协定的有51种。列入《中国濒危动物红皮书》的水鸟有12种。另外,根据1996年春季调查统计到的涉禽数量上分析,有8种超过或到达世界种群1%;3种达到或超过停歇地大于0.25%标准。1999年崇明东滩正式加入东亚—澳大利亚涉禽迁徙保护网络,2002年1月,湿地国际秘书处正式接纳崇明东滩为国际重要湿地
上海市崇明东滩自然保护区 位于低位冲积岛屿――崇明岛东端的崇明东滩,在长江泥沙的淤积作用下,形成了大片淡水到微咸水的沼泽地、潮沟和潮间带滩涂。区内有众多的农田、鱼塘、蟹塘和芦苇塘,沼生植被繁茂,底栖动物丰富,是亚太地区春秋季节候鸟迁徙极好的停歇地和驿站,也是候鸟的重要越冬地。